「지방세법」 제106조제1항제2호에서는 토지에 대한 재산세 과세대상으로서 별도합산과세대상을 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 ‘공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’(가목) 등으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제101조제1항 단서에서는 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(각주: 임시사용승인을 포함함)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지는 별도합산과세대상 토지에서 제외한다고 규정하고 있는바,
「건축법」 제11조에 따라 건축허가를 받은 건축물의 건축공사를 완료하고 같은 법 제22조에 따라 사용승인을 받은 후, ①용도변경 허가를 받지 않거나 ②사용승인을 받지 않고 해당 건축물의 용도를 변경하여 사용 중인 경우(각주: 해당 건축물 전체가 「건축법」 제19조제2항제1호에 따른 용도변경 허가 대상 및 같은 법 제19조제5항 본문 및 제22조에 따른 사용승인 대상에 해당함을 전제함), 용도변경 이후 도래하는 과세기준일을 기점으로 해당 건축물의 부속토지는 「지방세법 시행령」 제101조제1항 단서에 따라 별도합산과세대상 토지에서 제외되는지?(각주: 해당 토지가 「지방세법 시행령」 제101조제1항 본문에 따른 건축물의 부속토지에 해당함을 전제함.)

이 사안의 경우, 용도변경 이후 도래하는 과세기준일을 기점으로 해당 건축물의 부속토지는 「지방세법 시행령」 제101조제1항 단서에 따라 별도합산과세대상 토지에서 제외됩니다.

먼저 「지방세법 시행령」 제101조제1항 단서에서는 별도합산과세대상 토지에서 제외되는 토지를 ‘「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물’로서 허가 등을 받지 않거나 사용승인을 받지 않고 사용 중인 건축물의 부속토지로 규정하고 있는바, 해당 ‘허가 등’ 및 ‘사용승인’을 「건축법」 제11조에 따른 건축허가 및 같은 법 제22조에 따른 사용승인 등으로만 한정하거나, 같은 법 제19조제2항제1호에 따른 용도변경 허가 및 같은 조 제5항에 따른 사용승인은 제외되는 것으로 규정하고 있지 않으므로, 이 사안의 ‘「건축법」 제19조제2항제1호에 따른 용도변경 허가를 받지 않거나 같은 조 제5항 본문 및 같은 법 제22조에 따른 사용승인을 받지 않고 사용 중인 건축물의 부속토지’는 별도합산과세대상 토지에서 제외된다고 보는 것이 문언상 타당합니다.
그리고 지방세법령상 재산세 별도합산과세 제도를 둔 입법취지를 살펴보면, 토지에 대한 재산세는 종합합산과세가 원칙이나, 납세의무자가 소유하고 있는 토지를 모두 합산하여 누진세율을 적용하는 종합합산과세 제도만 운영할 경우 토지별 용도와 경제적 효용성 등 개개 토지의 특성을 제대로 반영할 수 없는 단점이 있는바, 종합합산과세 제도의 획일적 적용에서 오는 불합리를 보정하기 위해 해당 토지가 ‘정상적인 경제활동’에 활용된다는 전제 아래 일정 범위의 ‘건축물의 부속토지’ 등에 대해서는 낮은 누진세율이 적용되는 별도합산과세대상으로 분류하도록 한 것(각주: 헌법재판소 2010. 12. 28.자 2009헌바145 결정례 참조)입니다.
그런데 처음부터 「건축법」 제11조에 따른 건축허가 또는 같은 법 제22조에 따른 사용승인을 받지 않고 사용 중인 건축물뿐만 아니라, 건축물의 기존 용도를 변경하면서 같은 법 제19조제2항제1호에 따른 용도변경 허가 또는 같은 조 제5항 본문 및 같은 법 제22조에 따른 사용승인을 받지 않은 경우 역시 용도변경을 기점으로 해당 건축물을 불법적으로 사용하고 있다는 점에서 차이가 없다고 할 것인바, 불법 용도변경 이후에는 해당 건축물의 부속토지가 별도합산과세대상에서 제외되는 것으로 해석하는 것이 별도합산과세 제도의 입법취지에 비추어 합리적입니다.
또한 만약 ‘「건축법」 제19조제2항제1호에 따른 용도변경 허가를 받지 않거나 같은 조 제5항 본문 및 같은 법 제22조에 따른 사용승인을 받지 않고 사용 중인 건축물의 부속토지’ 역시 별도합산과세 대상으로 보아 낮은 누진세율을 적용할 경우, 「건축법」 등을 위반하여 건축물을 불법적으로 사용·수익하는 경우까지 세제 혜택을 부여함에 따라 조세공평의 원칙에 반할 수 있을 뿐만 아니라 행정관청이 건축물의 불법 사용을 사실상 방조한다는 지적이 있을 수 있습니다(각주: 조세심판원 2023. 11. 16. 조심2023지4424 및 조세심판원 2018. 6. 4. 조심2018지0661 참조).
따라서 이 사안의 경우, 용도변경 이후 도래하는 과세기준일을 기점으로 해당 건축물의 부속토지는 「지방세법 시행령」 제101조제1항 단서에 따라 별도합산과세대상 토지에서 제외됩니다.
<관계 법령>
지방세법
제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지
가.·나. (생 략)
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
다. 철거·멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
가. ∼ 아. (생 략)
② (생 략)
③ 재산세의 과세대상 물건이 토지대장, 건축물대장 등 공부상 등재되지 아니하였거나 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상의 현황에 따라 재산세를 부과한다. 다만, 재산세의 과세대상 물건을 공부상 등재현황과 달리 이용함으로써 재산세 부담이 낮아지는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 공부상 등재현황에 따라 재산세를 부과한다.
지방세법 시행령
제101조(별도합산과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조제1항제2호가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지는 제외한다.
1. 특별시·광역시(군 지역은 제외한다)·특별자치시·특별자치도 및 시지역(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역은 제외한다)의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지
가. 읍·면지역
나. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지
다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지정된 공업지역
2. 건축물(제1호에 따른 공장용 건축물은 제외한다)의 부속토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지
가. 법 제106조제1항제3호다목에 따른 토지 안의 건축물의 부속토지
나. 건축물의 시가표준액이 해당 부속토지의 시가표준액의 100분의 2에 미달하는 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 바닥면적을 제외한 부속토지
②·③ (생 략)
건축법
제11조(건축허가) ① 건축물을 건축하거나 대수선하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사 또는 시장·군수·구청장의 허가를 받아야 한다. (단서 생략)
② ∼ ⑪ (생 략)
제19조(용도변경) ① 건축물의 용도변경은 변경하려는 용도의 건축기준에 맞게 하여야 한다.
② 제22조에 따라 사용승인을 받은 건축물의 용도를 변경하려는 자는 다음 각 호의 구분에 따라 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 특별자치시장·특별자치도지사 또는 시장·군수·구청장의 허가를 받거나 신고를 하여야 한다.
1. 허가 대상: 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설군(施設群)에 속하는 건축물의 용도를 상위군(제4항 각 호의 번호가 용도변경하려는 건축물이 속하는 시설군보다 작은 시설군을 말한다)에 해당하는 용도로 변경하는 경우
2. (생 략)
③ (생 략)
④ 시설군은 다음 각 호와 같고 각 시설군에 속하는 건축물의 세부 용도는 대통령령으로 정한다.
1. 자동차 관련 시설군
2. 산업 등의 시설군
3. 전기통신시설군
4. 문화 및 집회시설군
5. 영업시설군
6. 교육 및 복지시설군
7. 근린생활시설군
8. 주거업무시설군
9. 그 밖의 시설군
⑤ 제2항에 따른 허가나 신고 대상인 경우로서 용도변경하려는 부분의 바닥면적의 합계가 100제곱미터 이상인 경우의 사용승인에 관하여는 제22조를 준용한다. 다만, 용도변경하려는 부분의 바닥면적의 합계가 500제곱미터 미만으로서 대수선에 해당되는 공사를 수반하지 아니하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥·⑦ (생 략)
제22조(건축물의 사용승인) ① 건축주가 제11조·제14조 또는 제20조제1항에 따라 허가를 받았거나 신고를 한 건축물의 건축공사를 완료[하나의 대지에 둘 이상의 건축물을 건축하는 경우 동(棟)별 공사를 완료한 경우를 포함한다)한 후 그 건축물을 사용하려면 제25조제6항에 따라 공사감리자가 작성한 감리완료보고서(같은 조 제1항에 따른 공사감리자를 지정한 경우만 해당된다]와 국토교통부령으로 정하는 공사완료도서를 첨부하여 허가권자에게 사용승인을 신청하여야 한다.
② ∼ ⑥ (생 략)

  법제처의 법령해석은 행정부 내부에서 법령의 집행과 행정의 운영을 위해 통일성 있는 법령해석의 지침을 제시하는 제도로서, 법원의 확정판결과 같은 '법적 기속력'은 없습니다. 따라서 법령 소관 중앙행정기관 등이 구체적인 사실관계 등을 고려해 다르게 집행하는 경우도 있다는 점을 알려드립니다.
  또한 법제처 법령해석은 '법령해석 당시'의 법령을 대상으로 한 것이므로, 법령해석 후 해석대상 법령이 개정되는 등 법령해석과 관련된 법령의 내용이 변경된 경우 종전 법령에 대한 법령해석의 내용이 현행 법령과 맞지 않을 수 있으므로 현행 법령을 참고하시기 바랍니다.
  아울러 「헌법」 제101조에 따라 사법권은 법원에 속하므로 「법제업무 운영규정」 제26조제8항제2호 및 같은 조 제11항제2호에서는 '정립된 판례' 가 있는 경우 법제처가 법령해석을 할 수 없다고 규정하고 있습니다. 따라서 법제처 법령해석과 다른 내용의 법원의 확정판결이 있는 경우 법원의 확정판결을 참고하시기 바랍니다.